Le Microbiote (ou flore) est l'ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, levures, virus) tapissant les endroits du corps en contact avec le milieu extérieur (la peau, la bouche, l'estomac, l'intestin,...); il est chargé d'assurer notre défense, mais pas seulement...
L'analyse plus particulière du Microbiote intestinal et de son déséquilibre (ou dysbiose) est riche d'enseignements pour le micronutritionniste, et ouvre la voie à l'amélioration des symptômes d'allergie, d'intolérances alimentaires, mais aussi au traitement des maladies auto-immunes (Crohn, Rectocolite, Spondylartrite, Fibromyalgie,...), des maladies inflammatoires (Endométriose, Ovaires polykistiques, arthrose, eczémas,...), du syndrome métabolique (résistance à l'insuline, diabète, hypertension,...), des troubles du comportement alimentaire, de l'anxiété, de la dépression, de la prise de poids.
N'oublions pas son rôle essentiel dans la digestion et l'assimilation des nutriments, et donc les conséquences d'un déséquilibre du microbiote: malabsorbtion, déficits ou encore carences en vitamines, acides gras, oligoéléments, hyperperméabilité intestinale.